Sejalan dengan pesatnya perkembangan yang dialami oleh Sekolah Pascasarjana UNY, kerjasama dengan berbagai institusi semakin banyak dilakukan. Untuk mengoptimalkan bidang kerjasama tersebut, Sekolah Pascasarjana UNY membentuk unit Humas dan Kerjasama yang berfungsi untuk melakukan kegiatan promosi, mengolah dan mensosialisasikan informasi, serta merintis dan mengelola kerjasama dengan berbagai lembaga mitra di dalam dan luar negeri.
Secara umum kerjasama dengan mitra dalam negeri terkait dengan program peningkatan kualitas sumber daya manusia bagi staf lembaga mitra melalui perkuliahan Magister/Doktor di SPs UNY. Sejak awal berdiri, diketahui bahwa SPs UNY telah bekerjasama dengan berbagai pemerintah daerah di Indonesia untuk mengembangkan sumber daya manusia di daerah tersebut. Selain itu, kerjasama dengan lembaga mitra dalam negeri juga diwujudkan dalam bentuk publikasi bersama, seminar bersama, penelitian, dan program pengabdian kepada masyarakat. Dinas Pendidikan Provinsi Kalimantan Selatan, Sulawesi Tengah, dan DIY merupakan beberapa lembaga mitra SPs UNY di tanah air. Data lengkap kerjasama dalam negeri dapat dilihat di sini.
Kerjasama sinergis juga terjalin dengan lembaga mitra di luar negeri. Berbagai bentuk kerjasama dilakukan antara lain dengan mengadakan program sandwich-like di lembaga mitra, joint research, seminar, program kuliah tamu, dan transfer kredit. Beberapa institusi yang menjadi mitra SPs UNY antara lain Technische Universität Dresden, University of Auckland, Universiti Malaya, dan Monash University. Klik untuk daftar lengkapnya di sini.